교과부는 감사결과를 통해, 서남대학교는 설립자 OOO가 차명계좌를 이용한 교비자금 330억원 횡령, 이사회 회의록 허위 작성, 전임교원 허위 임용, 임상실습학점 이수기준시간 미충족 의대생에게 학점 및 학위 부여, 수련병원 지정기준 미충족 부속병원에서 임상실습 후 학점부여, 자격 유무가 확인되지 않은 협력병원 의사에게 파견실습 후 학점부여 등 학교운영 전반에 대해 편법적이고 불법적으로 운영하고 있는 사실이 적발되었다고 밝혔다.

또한, 신입생 충원율이 극히 저조하고, 전체 재적 학생수의 41.7%가 휴학생으로 휴학 후 미복학하거나 타 대학 재진학 등으로 중도 탈락률이 높아 정부 재정지원 제한대학 및 학자금대출 제한대학에 선정되지 않기 위해 대학정보를 허위로 공시하기도 하였다고 밝혔다.

교육과학기술부는 향후 시정요구 등을 거쳐 학교법인 서남학원 및 서남대학교가 정상적인 학사운영이 불가능하다고 판단되면 임원취임승인취소 및 학교폐쇄 등을 취할 예정이다.

또한, 서남학원과 동일한 설립자가 세운 한려대학교, 광양보건대학교, 신경대학교에 대하여 2013. 1. 7.(월)부터 특별감사를 실시하고 있다고 밝혔다.