나주시는 해양오염방지 국제협약에 따라 2012년부터는 가축분뇨의 해양투기가 전면 금지됨에 따라 가축분뇨 처리에 부담을 느끼는 농가의 부담을 덜어주기 위해 수차례의 시험운전 및 방류수의 수질분석 등을 통해 일일 처리량을 2배 이상으로 늘렸다.

나주시는 일일 공공하수처리장의 총 질소 및 총 인의 설계수질을 10% 이내로 유입처리 하는 규정도 준수토록 한데 이어, 2011년에는 일일 150톤 처리를 목표로 국․도비 31억 5천만 원을 지원 받아 가축분뇨공공처리시설에 대한 개선사업을 실시할 계획이어서 영산강 수질보전에도 기여할 것으로 기대된다.