시는 특히, “여수보육원에 대한 전수조사를 즉각 실시하라”라는 요구에 대해 “이는 마치 여수시와 전남도가 행정의 책무를 다하지 못하고 방관한 것처럼 왜곡되게 비추어 질 소지가 다분하다.”며, 여수시와 전남도는 이 문제 해결을 위해 관련단체 등과 함께 해고자 면담과 보육원 방문 등 8회에 걸쳐 행정지도에 나선 바 있다고 밝혔다.

또한, 여수지역사회복지협의체 공동조사단회의 3회와 여수시의회 의원 보육원 방문 상호대화 해결 권고 2회, 민주노총여수지부․민주노동당 해고자 복직투쟁대책위원회와 수회에 걸친 면담과 협의 등 최선의 노력을 기울여 왔다고 주장했다.

이 밖에도 여수시지역사회복지협의체 등과 합동으로 감사를 실시했으며, 보조금 반납과 형사고발 등 1차 행정처분 조치했다고 설명했다. 또한, 일부 법적 검토사항에 대해서는 중앙부처(보건복지부) 질의․회신에 의거 2차 행정처분을 계획하고 있다고 밝혔다.

한편, 이번 보육원 사태는 지난해 8월 여수보육원과 종사자간 하계휴가 문제로 다툼이 발생했고 여수보육원에서 10일간 무단결근한 종사자 3명을 2011년 8월 12일자로 해고처분하면서부터 비롯됐다.

이 문제는 양자간 2번의 부당해고 구제신청과 복직, 재해고, 재심 등을 거치면서 결국 지난 9월 25일 서울행정법원에서 “해고는 정당하다”라고 판결됐다.

아직 이들에 대한 노동위원회의 구제신청과 행정법원의 소송이 일부 진행 중인 가운데 해고자 3명 가운데 1명은 지난 7월 31일 자진 퇴사했으며, 2명은 법원의 판결 이후 퇴사해 현재 당사자 3명 모두 여수보육원에 재직하지 않고 있는 상태다.