국립환경과학원은 암모니아성질소, 살모넬라 등 총 17개 항목에 대해 평가과정을 거쳐 목포시 수질검사센터를 적합한 검사기관으로 판정한 으로, 목포수질검사센터에서는 최상의 수질검사 민원서비스를 위해 현지방문 출장접수 및 채수, 먹는물 수질상담 및 관리방법 안내 등 생활하면서 사용하는 먹는물에 대해 전반적인 이해를 돕고 있다

목포시, 무안군 등 전남 서남권 11개 시·군 지역민들이 사용하는 지하수, 수돗물, 생활용수 등을 검사하여 먹는 물 안전성 확보에 기여하고 있으며, 지난해 정수기 먹는 물 검사 등 6,200여건을 처리했다.

한편, 목포수질검사센터는 2009년에도 국립환경과학원으로부터 측정·분석능력이 우수한 기관임을 확인하는 정도관리 검증서를 획득하는 등 수질분석 능력이 우수한 기관으로 자리매김하고 있다.