북항하수처리장이 1일 평균 처리하는 35,000㎥의 하수에 대해 독성성분을 제로화 함으로써 인근 연안의 수생생태에 영향을 미치지 않도록 적극 대처하고 있는 것으로, 북항하수처리장은 하수방류수에 대해 BOD(생물화학적산소요구량), COD(화학적 산소요구량), SS(부유물질), 총질소, 총인, 총대장균군수 등 개별 오염물질에 대한 배출허용기준을 준수하기 위해 수질원격감시시스템(TMS)을 활용하여 24시간 하수수질상태를 감시하고 있으며, 생태독성 항목까지 배출허용기준 이내로 수질을 유지하고 있다.

특히, 하수내 유해물질로 인하여 생물체에 미치는 독성영향을 평가하여 수질을 관리하기 위해 물벼룩을 방류수에 넣어 생존율을 독성수준으로 표시하는 방법인 생태독성(TU, Toxic Unit)을 수질관리 항목에 추가하는 등 강화된 수질기준을 적용하고 있다.

이에 따라 북항하수처리장에서 배출되는 하수처리수 생태독성 농도가 0TU로 유지되고 있어 인근해역의 건강한 생태계 유지에 큰 역할을 하고 있다는 평가다.

한편, 목포시 관계자는 맑고 깨끗한 목포연안의 수질개선을 위해 2014년까지 북항하수처리장에 여과시설 등 고도처리시설을 보강설치 할 계획이다며 이 시설이 준공되면 더욱 안정적인 수질관리를 통해 보다 맑고 깨끗한 수질보전관리에  크게 기여할 것이다고 밝혔다.