건협은 2004년도 자체 시범사업을 시작으로 2005~2008년까지는 교육과학기술부 UNDP 국가사업, 2009~2012년까지는 행정안전부 비영리민간단체공익활동지원사업의 지원을 받아 몽골 학생 건강증진사업을 수행해 왔다.

특히, 이사업을 통해 건협은 몽골학생 보건프로그램 가이드라인 제언을 위한 건강검진 및 보건계몽교육 캠페인을 비롯하여 학교보건실 구급의약품 키트 및 장비, 기자재 등을 지원하였으며, 보건의료사업단 파견, 국내연수 및 워크숍을 통한 기술전수 및 학술교류 등 지난 8년간 다양한 건강증진활동을 전개해 왔다.

한편, 건협은 몽골 학생 건강증진사업 외에도 라오스 기생충관리사업, 인도네시아 학생건강증진사업, 미얀마 기생충퇴치 및 보건의료협력사업, 수단 주혈흡충퇴치사업 등의 다양한 보건의료 공익사업을 전개하고 있다.