남원비행장은 건립당시에는 군 작전비행장으로 활용되었으나, 항공기 주력기종 변경 등에 따라 헬기예비작전기지로 분류된 후 군사시설보호구역이 적용되지 않는 시설임에도 불구하고 주민들의 재산권 행사를 제한받고 있었으며 비행장의 사용 빈도가 점차 낮아지면서 폐쇄 요청이 꾸준히 제기되어 왔다.

남원지역 주민 3백여명은 지난 2006년부터 지속적으로 비행장으로 인한 재산권 제한 대책을 마련해주거나 비행장을 폐쇄해달라고 요구해왔으나, 군(軍)측과 남원시 간의 의견차이가 좁혀지지 않자 지난해 10월 국민권익위에 민원을 제기한 바 있다.

민원을 접수한 국민권익위는 수차례의 실무조정 협의와 현장조사를 거쳐 관계기관의 입장을 조율해 15일 오후 1시40분 전북 남원시 주생면사무소에서 지역주민들과 남원시, 육군 제35보병사단, 육군 제2작전사령부, 국방시설본부 관계자가 참석한 가운데 이성보 국민권익위원장 주재로 현장조정회의를 개최해 군사작전은 종전과 동일하게 수행하되 남원비행장을 폐쇄하는 합의를 성사시켰다.

양측이 합의한 중재안에 따라 ▲ 남원시는 비행장을 대체할 시설을 제공해 기존 비행장에서 이뤄지던 작전을 무리없이 수행할 수 있게 조치하고 ▲ 군(軍)은 비행장 폐쇄에 필요한 제반 절차에 동의하고, 나중에 남원시가 대체시설을 건립하고 나면 비행장 폐쇄를 추진하기로 했다.

회의를 주재한 이성보 위원장은 “이번 현장조정은 지역주민을 비롯한 남원시, 육군, 국방부가 서로 소통하고 협력한 결과로 무려 60여 년간이나 재산권행사를 제한 받아온 지역주민들의 숙원이 해소되어 기쁘다”고 밝혔다.

국민권익위는 지난 2010년 국방부가 헬기예비작전기지로 관리하고 있는 전국 34개의 비행장을 전수 조사해 관리 실태를 개선토록 합동참모본부에 권고한 바 있으며, 2011년에는 가평군, 영월군, 고성군 일대에 있는 군(軍) 비행장 때문에 발생한 지역주민들의 집단민원을 해결했다.