전체 조사대상 318개 업체 중 절반이 넘는 163개 업체(52%)에서 허가받지 않은 특정물질을 배출하였으며, 3개 업체(2개 업체는 163개에 포함)는 법정 허용기준을 초과하기도 하였다.

배출내역만으로 위법사항이 확인된 72개 업체는 관할기관에 고발 및 행정처분 등을 의뢰하고 배출농도가 먹는물수질기준 이하인 92개 업체는 관할기관에서 추가 조사를 실시(용수분석 결과 등)하여 위법여부에 따라 조치토록 할 계획이다. 

조사결과 나타난 문제점을 보면 이번에 적발된 기업체들 대부분이 환경부의 분석결과가 나올 때까지 폐수 속에 특정물질이 검출된 사실이나 검출 원인조차도 파악하지 못하고 있는 실정이며 일부 기업체들은 최종 방류되는 처리수가 법정 허용기준 이내인데 단순한 인허가절차를 득하지 않은 게 무슨 잘못이냐고 반문하고 있다.

하지만 환경부의 입장은 다르다.

특정물질은 미량으로도 인체 및 수생태계에 중대한 위해를 줄 수 있어 철저한 관리가 필요한 수질오염물질이다.

따라서, 자연생태계에 축적되거나 오염사고 발생시 국민의 건강과 직결된 문제로 공공수역에 유입을 제한하는 것이 바람직하며, 불가피하게 배출하더라도 이를 최소화시켜야 한다는 것이다.

이런 이유로 특정물질을 배출하는 시설은 상수원보호구역 등에서는 입지를 원천적으로 제한하고, 입지가 가능한 지역에서도 엄격한 배출허용기준을 정해서 관리하고 있다는 것이다.
 
환경부는 앞으로 나머지 사업장들에 대해서도 단계적으로 전수조사를 실시할 계획이며, 이와 더불어 조사결과 나타난 문제점 등에 대한 개선대책도 함께 추진할 계획이라고 밝혔다.

제도적측면에서 일정주기(5∼10년)마다 허가사항을 재검토하는 허가갱신제를 도입하고, 허가서류 검토 시 전문기관의 기술검토를 거치도록 하는 등의 개선방안을 강구하며 중앙정부차원에서 폐수배출업체에 대한 감시·단속기능 및 지자체 위임업무 관리 등의 지도·감독체계를 강화하겠다는 것이다.