이는 농협이 지난 2003년부터 2013년까지 목포농수산물종합유통센터를 운영해 왔던 바, 금년 7월에 위탁기간이 만료되어 연장 운영토록 한 것으로, 목포시는 목포농수산물종합유통센터 관리 및 운영조례 제6조(위탁) 제2항에 의해 필요한 경우 3년 단위로 그 기간을 연장 할 수 있다는 조항에 의거 농협측에서 농수산물종합유통센터 위･수탁 관리･운영 협약서 제2조(위･수탁기간)제2항에 의거 연장신청을 하자 연장하기로 한 것이다.

목포시는 사무민간위탁촉진및관리조례에 의하면 재위탁시 공개모집을 하거나 위원회를 구성 심의를 할 수 있다는 규정이 있지만, 이 조항은 개별조례가 없을 경우에 해당하는 것이다고 설명했으며, 또 목포시의 경우 목포농수산물종합유통센터관리및운영조례라는 개별조례가 있기 때문에 이번 연장사항은 개별조례에 의거 정당한 절차에 따라 추진한 것이라고 설명했다.

특별법이 일반법에 우선 적용하듯이 농수산물종합유통센터관리및운영조례가 특별개별조례로써 일반조례인 목포시 사무민간위탁촉진및관리조례에 우선하기 때문에 일부 시의원이 무효라고 주장하는 것은 법 논리에 맞지 않다고  밝혔으며, 목포시는 농수산물종합유통센터를 농협에 수탁하게 된 배경을 다음과 같이 설명하고 있다. 

농수산물종합유통센터는 2003년 3월에 준공되어 수탁자를 2회에 걸쳐 공모했으나 수탁희망자가 없어 유찰되었고, 3차 공고시 농협이 수탁을 하게 됐고, 이는 목포농수산물종합유통센터 설립 목적이 서남권 농산물 배송 및 유통의 거점 역할과 우리지역에서 생산된 농산물의 도소매 업무를 담당해야 된다는 목적에 따른 것이다.

농협중앙회로의 수탁을 연장하게 된 배경은 농협이 그동안의 노하우를 바탕으로 적자를 꾸준히 줄여나가 2015년도에는 흑자로의 전환을 전망하고 있고,  운영적자로 인한 손실을 감수하면서도 시민의 고용안정과 지역경제 활성화에 기여하고 지역민의 안전한 먹거리를 저렴하게 공급해온 점이 높이 평가받았기 때문이다.

특히, 목포시 관계자는 적자를 감수하면서도 꾸준하게 운영해온 농협이 위탁운영 연장을 포기하였더라면 농협에 버금가는 사업체를 찾기가 어려웠을 것이다며, 안전한 먹거리와 그동안의 노하우, 시민의 고용안전을 위해서 가장 효율적인 방안을 마련해야 한다고 강조했다.

한편, 전국에서 목포농수산물종합유통센터와 유사한 유통센터 15개소를 농협에서 운영하고 있다. 그중 목포시와 조건이 비슷한 김해, 고양, 성남시는 3년을 연장했고 수원은 5년을 농협에 연장했다.