안전성 검사는 합동 점검반을 배송차량별로 나누어 동승하여 친환경 농산물의 품질상태, 친환경 인증 및 스티커 부착여부, 대면검수 등 전 과정을 43개 급식학교에 대해 현장 점검을 실시하였으며, 안전성 점검결과 각 학교급식 영양교사 분들의 철저한 대면 검사로 배송 시간이 다소 지체되기는 하였으나 친환경 학교급식의 안전성을 위해할 만한 문제는 발견되지 않았으며, 현장에서 사소한 품질관리 건의 사항들에 대해서는 현장에서 시정조치 토록 하였다.

잔류농약 검사는 국립품질관리원과 연계하여 당일 배송된 친환경 식재료 10개 품목(열무, 시금치, 참나물, 부추, 감자, 고구마, 당근 등)에 대해 무작위로 샘플시료를 추출하여 전문기관에 잔류농약 검사를 의뢰 하였으며, 분석결과 잔류농약 기준을 초과 검출될 경우 해당 식재료에 대해서는 전량 회수?폐기 조치하고 관련 기관에 통보해 행정처분하는 등 강력하게 대응하기로 하였다.

한편, 나주시 관계자는 2013년 4분기에 4차례 걸쳐 친환경급식 식재료 27품목에 대해 잔류농약 검사를 실시한 결과 적합한 것으로 분석되어 지적사항이 없었다고 밝혔다.