종합부동산세는 재산세 납세의무자 중에서 전국에 보유하고 있는 부동산 가액을 합산하여 일정액 이상(주택 6억, 종합합산토지 5억, 별도합산토지 80억)인 경우 과세하는 국세로서 국세청에서 징수하고 있으나 안전행정부에서 부동산교부세로 전액 지방에 교부하고 있어 사실상 지방자치단체의 재원이다.

따라서 종합부동산세를 지방세로 전환하게 되면 지자체가 직접 과세하여 자체 세입으로 충당하게 되고, 부과.징수율 제고 등 과세 자주권의 확대 및 그에 상응하는 자주재원 확충 효과를 가져 오게 된다.

2013년도에 전국에서 부과된 종합부동산세는 1.1조원이며, 그 중 제주도에서 부과된 종합부동산세는 61억원이다. 이를 안전행정부에서 시.군.구의 재정여건, 사회복지, 지역교육, 부동산보유세 규모를 기준으로 부동산교부세로 배분함에 따라 제주도에는 203억원이 교부되었으며, 지방세로 전환하게 되면 그 만큼의 자주재원이 확충되는 효과를 가져 올 것으로 기대된다.

납세자의 입장에서는 종합부동산세 명칭, 과세요건, 납부기간 등 모든 것이 현재와 동일하여 세 부담에 변화가 없으며, 지자체의 경우도 그동안 부동산교부세로 교부받던 재원만큼 종합부동산세를 안분 납부받게 되어 세수변동은 없을 것이다.

정부에서는 현재 국회에 계류 중인 지방세 3법(지방세기본법, 지방세법, 지방세특례제한법) 및 종합부동산세 관련법령을 조속히 개정하여, 그동안 종합부동산세 도입 후 제기되어 온 문제점들을 개선하고 지방세로 전환함으로써 지방자치단체가 직접 과세권을 행사해 자주재원을 확충하고, 지방자치단체(재산세)와 국가(종합부동산세)가 유사업무를 이중으로 수행하는 등의 행정낭비 요인을 제거할 수 있도록 지방자치단체와 더불어 노력하여야 한다.