그 동안 여수시는 친환경 농산물을 보육시설 및 각급 학교에 개별 공급업체를 통해 공급해왔으며, 특히 다수의 공급업체 참여로 인하여 체계적인 지역 친환경 농가와의 계약재배, 공급 등 시스템 부족으로 유통 우선의 식재료가 공급됨에 따라 우리 지역 친환경 농산물이 외면받아 왔고, 최저가 입찰방식은 공급업체의 이윤과 직결되기 때문에 가격, 구매 편의 중심으로 식재료가 공급됨에 따라 지역에서 생산되는 친환경 농산물을 학생들의 먹거리로 전량 공급하지 못하게 되었다. 

이에 지역농협, 품목농협 조합원을 활용한 지역 친환경 농산물 계약 재배 및 판로 확보를 통한 친환경농업을 육성하고자 학교급식지원센터 설치를 본격 검토하게 된 배경이며, 여수시에서는 2012년 보조금 10억이 투입된 원예농협 산지유통센터(APC)를  활용하고, 지역농협 등 생산자단체가 공동 참여한 가칭)농협연합사업단에 위탁운영을 검토 중에 있다.

한편, 여수시 학교급식센터는 식재료 공급 전 안전성 검사시스템 구축으로 안전한 먹거리를 제공하고, 우수한 식재료를 안정적으로 공급하기 위해 학교급식지원센터를 통한 지역생산자, 산지유통센터, 지역농협, 생산자 조직 등과의 계약 재배, 생산, 공동구매 등 역할을 수행하여 안정적인 물량을 확보하고 나아가 친환경 농가 육성으로 이어져 우리 지역 경제에 활기를 불어넣을 수 있는 역할을 담당할 것으로 기대하고 있다.