수완지구와 선운지구로의 인구유입에 따라 광산구에 과학중점학교 운영의 필요성이 꾸준히 제기되어 왔으며, 이에 6층 규모의 기숙사(보문학사) 완비, 자율형 사립고와 과학·수학 교과교실제 연구학교 운영 등의 경험을 축적한 보문고등학교가 양질의 교육여건을 갖춘 것으로 평가되었다.

과학중점학교는 일반계 고등학교에서 이공계열 진학 학생들의 과학·수학 교육을 강화하여 인문소양과 과학지식을 겸비한 우수 이공계 인재양성에 목적이 있으며, 전체 교육과정의 45%이상을 과학과 수학교과로 편성·운영하고 있는 가운데, 과학 수학과 연계된 과제연구 활동, 탐구동아리 활동, 진로체험, 봉사활동,  등은 학생, 학부모의 만족도를 높이며 대학 수시모집 확대에 따른 학생부종합전형 대비에도 좋은 대안으로 떠오르고 있다.

보문고는 2017학년도 신입생 남·여 1학급씩을 모집할 예정이며, 후기 일반계고 모집 방식을 따르고 과학중점과정 이수를 희망하는 학생들은 선지원에서 우선 배정받을 수 있다. 이로써 광주는 조대여고, 풍암고, 상무고를 포함하여 4개의 과학중점학교를 운영하게 되었다.